复发性口腔溃疡首先与免疫有着很密切的关系。有的患者表现为免疫缺陷，有的患者则表现为自身免疫反应，也就是由于各种因素，使人体正常的免疫系统，对自身组织抗原，产生免疫反映，而引起组织的破坏而发病。其次是与遗传有关系。

在临床中，复发性口腔溃疡的发病，有明显的家族遗传倾向，我们常常看到，父母一方或多方若患有复发性口腔溃疡，那么，他们的子女就比一般人更容易患病。

另外，复发性口腔溃疡的发作，常常还与一些疾病或症状有关，比如消化系统疾病胃溃疡，十二指肠溃疡，慢性或迁延性肝炎，结肠炎等，另外贫血，偏食，消化不良，腹泻，发热，睡眠不足，过度疲劳，精神紧张，工作压力大、月经周期的改变等等。随着一种或多种因素的活跃、交替、重叠就出现机体免疫力下降，免疫功能紊乱，也就造成了复发性口腔溃疡的频繁发作。

口腔溃疡的常见病因主要有以下几方面：

1、内分泌变化：有些女性患者往往在月经期发生，可能与体内雌激素量下降有关。

2、精神因素：有的患者在精神紧张、情绪波动、睡眠状况不佳的情况下发病，可能与植物神经功能失调有关。

3、消化系统疾病及功能紊乱：如腹胀、腹泻或便秘等情况。

4、遗传因素也是导致口腔溃疡的原因之一。如父母双方均患有复发性口腔溃疡时，其子女约有80— 90%患病，若双亲之一患此病时，其子女约有50—60%患病。

5、其他因素：如缺乏微量元素锌、铁、叶酸、维生素B12等，可降低免疫功能，增加复发性口腔溃疡发病的可能性。